Dans l'Antiquité, les cimetières étaient toujours extérieurs à l'enceinte des cités et souvent implantés le long des grands axes routiers. Dès le début de l'Empire, tombes à incinération, sarcophages et mausolées s'égrenèrent aux abords de la Via Aurelia, constituant une vaste nécropole.

Mais, c'est à l'époque paléochrétienne que le cimetière prit une importance majeure avec l'inhumation du martyr saint Genest et la sépulture des premiers évêques d'Arles, abrités dans une chapelle bientôt entourée par un grand nombre de tombes pressées sur plusieurs rangs.

Vers 1040 fut installé un prieuré sous le vocable de Saint-Honorat dépendant de l'abbaye Saint-Victor de Marseille. La nécropole devint une étape obligée du pèlerinage de Saint-Jacques de Compostelle et les chansons de Gestes ne manquèrent pas d'y situer les combats de Charlemagne contre les Sarrasins, pour expliquer l'abondance des tombes. Dante immortalisa ce lieu dans son poème « L'enfer ».

L'allée des Alyscamps qui subsiste aujourd'hui a été aménagée par les religieux Minimes au XVIIIe siècle. En 1888, Van Gogh et Gauguin vinrent peindre dans ces romantiques « Champs Elysées » d'Arles.