La crypte, partie basse de l'église abbatiale, est creusée dans le rocher sur son côté sud et construite en pierre de taille dans sa partie nord. Elle rattrape ainsi la déclivité du roc et sert de fondation au monastère. Les murs massifs la courbe large du chœur et l'épaisseur imposante des arcs plein cintre au-dessus du transept sont les traits essentiels de son architecture. Ces éléments, hérités de l'Antiquité romaine, caractérisent au XIIe siècle l'éclosion d'un style roman provençal. La taille parfaite de la pierre rend compte du savoir-faire remarquable des carriers. Certaines pierres sont gravées de lettres majuscules, marques des confréries des tailleurs ou tâcherons. Les sept chapelles de la crypte étaient vouées à la liturgie, à la célébration des messes privées et aux offices funéraires. ainsi un accès direct conduit au cimetière qui enveloppe le chevet.