L'allée s'élargit ensuite jusqu'aux restes de la nécropole paléochrétienne, devant l'église de l'abbaye Saint-Honorat (XII^e siècle). Tous les bâtiments conventuels de l'abbaye ont été détruits après la Révolution. Les fouilles menées dans les années 1930-1950 ont permis de mettre à jour un entassement de sarcophages sans décor ni épitaphe, posés dans des enclos funéraires. Des tessons de céramique et des monnaies permettent de les situer aux IV^e et V^e siècles.

Les sarcophages sont serrés. On a voulu en empiler le plus possible près de l'église pour y être enterrés à côté des lieux saints. L'église Saint-Honorat-des-Alyscamps a été construite autour du tombeau de saint Genest. Au Moyen Age la nécropole est devenue un cimetière chrétien car beaucoup de chrétiens voulaient être enterrés près de saint Genest. On pensait pouvoir aller plus vite au Paradis ! On peut même voir des sarcophages romains réutilisés par les chrétiens. On effaçait les symboles païens et à la place on sculptait une croix chrétienne.