Bien que l'on ne désigne généralement par le nom d'Alyscamps que léglise de Saint-Honorat et l'allée des sarcophages (aménagement artificiel du XVII^e siècle), et qu'on l'associe à la période chrétienne, le terme s'applique à toute la nécropole orientale qui s’est développée le long de la voie Aurélienne.

Grâce à des études et fouilles récentes, on connaît mieux l'évolution de cette nécropole, dont la partie la plus ancienne, qui date de la fin du I^er siècle av. J.-C., de trouvait au pied même du rempart. Tandis que cette partie haute de la nécropole n'a reçu que des incinérations, on constate une extension de la nécropole vers les parties basses, au sud et à l'est, à partir du II^e siècle, quand on commence à pratiquer l’inhumation.
C'est à l'extrémité sud-est de cette nécropole, à l'endroit de l'église Saint-Honorat que fut inhumé, selon la tradition, le martyr arlésien Genest (Genesius), un greffier qui avait refusé de signer les condamnations à mort, sans doute à l'époque des persécutions sous l'empereur Dèce (250). Poursuivi par des légionnaires, il traversa le Rhône à la nage, mais fut rattrapé à Trinquetaille et décapité prés d'un mûrier. Son corps fut ramené sur la rive gauche et enseveli aux Alyscamps, dans une zone qui ne semble pas avoir servi antérieurement pour des inhumations. Ces deux lieux sont devenus, au cours des siècles, des centres de nécropoles ad sanctos (« auprès des saints ») et, aux V^e et VII^e siècles, les auteurs chrétiens rappellent volontiers que la ville, l’urbs Genesii, était protégée par le sang et le corps du martyr. Les débuts de cette vénération demeurent imprécis.
La tombe de Genest ne se distinguait certainement pas des autres sépultures aux alentours, qui ont du être relativement rares. La fouille des la crypte de Saint-Honorat a certes permis la découverte de plusieurs tombes en coffre de bois, datables du IV^e siècle, mais aucune n'a reçu un traitement qui laisserait supposer qu'ils s'agissait de tombes privilégiées, ni d'ailleurs de tombes chrétiennes. D'autres inhumations datables du IV^e siècle ont été fouillées en 1975 sur le site du jardin d'hiver, à plus de 700 mètres à l'ouest de Saint-Honorat.
Ce n’est que dans la seconde moitié du IV^e siècle, avec l'importance croissante du culte des reliques, que la sépulture de Genest commence à être recherchée pour des inhumations, et notamment celles des évêques arlésiens, dont le premier est sans doute Concordius, mort vers 380-390. La première attestation certaine de l'existence d'une basilique funéraire à cet endroit ne remonte cependant qu'au milieu du V^e siècle, quand l'évêque Hilaire est inhumé « in basilica sanctis Genesii ». Les fouilles menées dans les années 1930-1950 devant Saint-Honorat permettent d'observer cet entassement de tombes de fidèles qui souhaitaient reposer le plus prés possible du martyr et de profiter de sa sainteté.
Ces sarcophages relativement simples et sans décor ni épitaphe, sont posés dans les enclos funéraires qui correspondent probablement à des concessions familiales et collégiales. Plusieurs de ces enclos se sont succédés, bien que la chronologie exacte demeure imprécise. Dans l'un des murs a été trouvé un tesson de céramique datable de 360-470. La même datation est donnée par des monnaies trouvées lors de fouilles anciennes, mais associées, semble-t'il, à de la céramique un peu plus récente.
Ces enclos montrent une orientation légèrement différente par rapport à celle de l’église Saint-Honorat, qui a été construite à partir du XI^e siècle, remplaçant une église préromane dont la date reste incertaine. Au Moyen Âge, la partie orientale de la nécropole des Alyscamps appartenait à la puissante abbaye Saint-Victor-de-Marseille, contrairement à la partie occidentale, qui faisait partie du monastère Saint-Jean, fondé par l'évêque Césaire au début du VI^e siècle. Pour les moines de Saint-victor, le vocable du martyr arlésien n'était sans doute pas aussi prestigieux, et ils l'ont remplacé par celui d'Honorat, évêque d'Arles entre 426 et 429, mais surtout fondateur du monastère de l'île de Lérins, l'un des foyers, avec Saint-Victor, du monachisme provençal.